Didirikan oleh Alm. DR. (HC) Habib Syech bin Ali Al Jufri pada tahun 2000 yang dihadiri oleh tokoh dalam maupun luar negeri, diantaranya : Al-Habib Salim bin Abdullah As-Syathiri (Yaman – Hadromaut), Al-Habib Zein bin Ibrohim bin Sumaith (Madinah) dan Wakil Presiden Indonesia pada saat itu yaitu DR. Hamzah Haz.

Daarul Fudlola kini diteruskan oleh anak dari Alm. DR. (HC) Habib Syech bin Ali Al Jufri yaitu Al-Habib Abdurrahman bin Syech Al-Jufri.

 Daarul Fudlola mengintegrasikan kurikulum pesantren khas Rubath Tarim (Hadromaut) dengan Kurikulum Merdeka (Kemdikbud) dalam menjalankan proses pembelajarannya.

Daarul Fudlola memiliki Visi yaitu “Melahirkan Generasi Qur’ani Berlandaskan Aqidah Ahlis Sunnah Wal Jama’ah Yang Berwawasan Global”. Dan Misi sebagai berikut : 

• Mengembangkan sistem pendidikan terpadu berbasis pondok pesantren.
• Mencetak pemimpin masa depan penerus risalah Rasulullah SAW yang mengabdi kepada Allah dan berperilaku sesuai syariat tuntunan agama.
• Membangun dan mendidik generasi Islam yang cerdas dan ber-karakter.
• Membangun dan mendidik generasi Islam yang handal dalam penguasaan Al Qur’an, terampil dalam sains dan teknologi serta mahir berbahasa Arab dan Inggris.